Don Bosco négy hónappal később meghalt, azonban a kis Alajosnak ez a rövid ismeretség is elég volt ahhoz, hogy egész életét meghatározza. Miután befejezte a gimnáziumot, felvételét kérte a szaléziak közé. 1891. augusztus 17-én belépett a noviciátusba. Filozófiai tanulmányait Valsalicében végezte, ahol megismerkedett Andrea Beltrami atyával. Mélységesen megérinti, milyen örömmel száll szembe betegségével ez az ember. 1894-ben Unia atya, az Agua de Dios-i leprások híres misszionáriusa Valsalicébe látogatott, hogy kiválasszon egy jelöltet, aki a fiatal leprásokkal foglalkozna. A 188 ember között, akik mind ugyanezt szerették volna, amint Variarára esett a tekintete, így szólt: - Ő lesz az.

Alajos 1894. augusztus 6-án érkezett Agua de Diosba. A járványkórházban 2000-en laktak, ebből 800 leprás. Érkezése után azonnal elkezdett azon fáradozni, hogy megszépítse a kórházban ápoltak életét, különösen a fiatalokét. Megszervezett egy zenei együttest, amivel a betegek számára nem is remélt ünnepi légkört teremtett. 1895-ben meghalt Unia atya, így Alajos egyedül maradt Crippa atyával.

1898-ban pappá szentelték. Hamar kiderült, hogy kitűnő lelki vezető. 1905-ben fejezte be a „Don Unia Otthon” építését, egy olyan bentlakásos intézményt, amely 150 árvát és leprást képes befogadni, munkalehetőséget biztosít számukra, és segíti majdani beilleszkedésüket a társadalomba. Agua de Diosban, a Gondviselés Leányai mellett 200 lánnyal létrejött a Mária Leányai Társaság. Alajos atya volt a gyóntatójuk és meghatározó szerepe volt néhány szerzetesi hivatás kialakulásában. Így született meg az a merész terv - amely egyedülálló az Egyházban - egy olyan szerzetesrend létrehozására, amely leprás betegeket is tagjai körébe fogad. Beltrami atya lelkiségéből táplálkozva kifejlesztette magában az áldozatos szalézi karizmát, és megalapította a „Jézus és Mária Szent Szívének Leányai” Kongregációt, amely ma 600 tagot számlál. Közben sokat kellett szenvednie az emberek és néhány feljebbvalójának meg nem értése miatt, akik azt gondolták jónak, ha eltávolítják Agua de Diosból. Ezt többször meg is tették. Don Boscóhoz hasonlóan ő is példát mutatott az engedelmességben. Nem mondott semmit a hamis vádakra sem. Engedelmessége miatt hiteles volt. Rua atya Torinóból bátorította. 1923. február 1-jén halt meg Cucutában, Kolumbiában, szeretett betegeitől távol, ahogyan az engedelmesség kívánta. „Minden Istentől jön és hozzá tér meg” - jelmondattal fejezte be életét. Most Agua de Diosban pihen, Leányainak kápolnájában.
II. János Pál pápa 2002. április 14-én avatta boldoggá.